Lastimosamente en la actualidad estos bienes y servicios que presta la Cuenca se están viendo afectados por distintos problemas ambientales tales como, la contaminación de las fuentes hídricas por residuos sólidos, vertimientos de aguas residuales domiciliarias, erosión de suelos, afectación de la cobertura vegetal y la contaminación auditiva y visual, esta problemática anterior se ha venido aumentando a través del tiempo porque no ha existido presencia continua de los sectores públicos y privados que ayuden a orientar procesos de desarrollo sostenible tanto en las comunidades locales como externas que han hecho uso de la cuenca.